众所周知，公司章程是公司的大宪章，与股东（大）会决议、董事会决议一起，成为公司运转过程中的法律文件。公司成立后，《设立公司协议》的目的已经实现，无论在内容上还是时间上，均被成立后的完备的公司治理机制所取代，所以《公司设立协议》原则上不应再对公司及股东具有约束力。但在特定情况下，《设立公司协议》对公司成立后的股东仍然具有合同效力。

实践中，仍有不少投资人在理念上惯于将经营模式按照事先约好的合同进行处理，故往往将《设立公司协议》的内容约定得清晰细致。与此同时，在注册运营公司的过程中，因为缺少律师的专业参与，公司章程往往是在登记设立时按照登记机关提供的格式样本随意填写，有的是从网上下载一个固定版本，甚至干脆照搬其他公司的章程。那么在后续的经营过程中一旦发生争议，将面临《设立公司协议》和公司章程内容不一致时的处理。

案例：

王某系本市早期教育圈内的达人，某投资公司与王某签订《设立公司协议》，约定：“双方合作成立某教育咨询公司，以该教育咨询公司名义与某师范大学签署合作协议建立大学分校技术学院。教育咨询公司负责投入资金8000万元运作该学院，王某以教育理念入股负责教育项目的经营策划与实施。其中王某占股60%，某投资公司占股40%。在某投资公司收回投入资金8000万元前，每年按照投资公司80％、王某20%的比例分配利润。”后双方签署《公司章程》，约定：“某教育咨询公司注册资本1亿元，其中某投资公司出资8000万元，占比80%；王某认缴2000万元，占比20%。各股东应当于公司登记前足额缴纳各自认缴出资。《设立公司协议》与《公司章程》内容有冲突的，以《设立公司协议》为准。”后因投资公司认为王某的教育理念无法使其投入资金按预期收回，同时与师范大学的合作也有分歧，投资公司遂向法院起诉，请求认定王某未履行出资义务，不具有教育咨询公司的股东资格。

上述案例的处理，则直面《设立公司协议》与《公司章程》对同一内容预定不一致时的法律效力认定，若认定《设立公司协议》对公司成立后的股东有效，则投资公司败诉；若认定《设立公司协议》对公司成立后的股东不具有法律效力，应以《公司章程》为准，则投资公司胜诉，王某不具有股东资格。对此，在法院的审判实务中一般会考虑以下两个因素对案件进行处理：

一是公司设立后，是否存在有效的公司章程和股东会决议对《设立公司协议》内容进行变更。有效公司章程则考虑其是否经过各股东的充分讨论认定，如直接使用登记机关的模板，或代办公司代办，即使各股东均已签字，在此案中均有可能被认定为不具有有效的公司章程。股东会决议一般会针对各股东的实际权益作出规定，若公司设立后，双方一直履行的是公司设立之前的《设立公司协议》，未形成新的股东会决议对《设立公司协议》的内容进行实际变更或有变更的一致意思表示，则可视为公司设立后不存在有效的公司章程和股东会决议。

二是公司设立后的股权结构是否已经发生变更。若公司设立后，对公司的股东人数进行了增减，或者即使股东人数没有增减但原股东之间的持股比例在登记上发生了变化，结合变更后的情形是否对原投资人的话语权产生变化，则有合理理由怀疑公司在运转过程中可能对《设立公司协议》的履行进行了变更。本案中，公司的股权结构自设立登记之日起，在股东人数以及股权占比上均未发生变化，同时投资公司没有提供证据证明教育咨询公司在运转过程中没有按照《设立公司协议》约定的内容执行，故可以认定《设立公司协议》仍然在股东之间实际履行。

当然，考虑上述两个因素的前提是《设立公司协议》的内容不违反法律法规，不损害他人合法权益。否则，将可能直接根据《合同法》的规定，按照无效协议处理。

因此，在设立公司过程中各方签订的协议，在公司成立后不一定完全否定其对股东的约束力，要视具体情形而定。同时，也建议广大投资者在公司设立时咨询专业律师，以避免后续纠纷以及自身合法权益遭受他人损害。